岸田政権は「国の特別の機関」という現在の形態は維持する一方、会員選考過程をチェックする第三者委員会の設置などを含めた改革方針を示していたが、会議側は再考を求める声明を取りまとめた。「学術会議の独立性に照らしても疑義があり、存在意義の根幹に関わる」日本学術会議の声明にはこう記されていた。同会議については、年間約１０億円もの税金が投入されながら、特定の政治勢力の影響力が強く、日本の「軍事・防衛研究」に反対し、経済成長のマイナスになってきたと指摘されている。梶田会長は70年の歴史を持つ同会議の性格を変えてしまうと訴えた。
菅前首相の6人の任命拒否で、世間に会議の存在が表面化した。それがなければ、70年どころか100年もそれ以上に日本のアカデミアを歪曲し続けたであろう。現在の国際情勢は、経済一辺倒や他国の善意に期待することばかりでは成り立たなくなった。大学での軍備研究も必要だ。増してや旧来から中国寄りのアカデミアには再考の必要がある。政府の期間である以上、協賛機関になってはならないが方針に反するのであれば解散する時代や時期が来ている。